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乙脑病毒进入人体后是否引发疾病，一方面可能与感染病毒的数量与毒力有关，另一方面取决于机体的免疫力和其他防御功能。如果机体免疫功能正常，感染后只发生短暂的病毒血症，则病毒可被迅速清除，不进入中枢神经系统，仅引起隐性感染或轻型病例，人体还可借此获得免疫力。但如果机体免疫力低下，乙脑病毒可侵入中枢神经系统引起脑炎。

乙脑的潜伏期为4～21天。大多数患者症状较轻或无症状，仅少数患者出现中枢神经系统症状。疾病初期，患者体温可上升至39～40摄氏度，伴头痛、恶心和呕吐，部分患者有嗜睡症状。随着疾病的进展，患者可出现意识障碍、惊厥、抽搐、脑膜刺激征等情况。经积极治疗后，大多数患者预后良好，但重症病例可能留下严重的后遗症。